当水从进水口进入过滤器滤筒内部，杂质被拦截在过滤筒内壁，过滤后的干净水从出水口流出，当滤筒内壁的杂质越积越多时，过滤器进出口的压差达到预设值或达到清洗时间或手动预制时，过滤器将开始自清洗过程，整个自清洗过程包含两个步骤：打开位于过滤器上的自动排污阀；电机带动过滤器滤网内的清洗刷，被滤网所拦截下来的杂质从排污阀排出。清洗时系统不断流，过滤器的整个运行过程由随机配备的一个智能控制箱来控制。控制方式可选压差、时间、手动及 PLC 控制。
全自动自清洗过滤器由壳体、多元滤芯、反冲洗机构、电控箱、减速机、电动阀门和差压控制器等部分组成。壳体内的横隔板将其内腔分为上、下两腔，上腔内配有多个过滤芯，这样充分利用了过滤空间，显著缩小了过滤器体积，下腔内安装有反冲洗吸盘。工作时，浊液经入口进入过滤器下腔，又经隔板孔进入滤芯的内腔，大于过滤芯缝隙的杂质被截留，净液穿过缝隙到达上腔，较后从出口送出。